多くは自然治癒する病気ですが、肺炎、気管支炎、脳症、ライ症候群、心筋炎を合併し、生命に危険が及ぶ場合があります。2009年のパンデミックインフルエンザでは基礎疾患のない小児でも重症化することが多かったと報告されています。ワクチン接種によって発症を完全に防ぐことはできませんが、重症化や合併症、死亡する危険性を抑えることができます。インフルエンザ脳症は毎年60－160人報告されています。ワクチンは生後6か月から13歳未満が2回、13歳以上が1回となっています。2回目の接種は3－4週あけることが望ましいとされています。接種量は生後6か月から3歳未満が1回0.25ml、3歳以上が1回0.5mlです。ワクチンの予防効果は接種後2週間から5か月程度と考えられています。